Посетителей собирают в группы в инфо центре на Иоанновском равелине и отправляются на сеансы ежечасно, начиная с 11 и заканчивая 16 часами. Каждый вторник и по праздникам последняя экскурсия начинается в 15:30.

На территории комплекса проводятся экскурсии по таким его локациям:
- Музей космонавтики и ракетной техники.
- Петропавловский собор, а также прилегающая усыпальница династии Романовых.
- Бастион Трубецкого.

Экскурсанты могут также посетить такие постоянные выставки, посвященные:
- Истории города с 1703 по 1918 гг.
- Истории самой крепости.
- Коллекции фарфора и стекла 18-20 веков.
- Архитектурной керамике.
- Науке и технике.

Среди временных выставок представлены:
- «Погружение в эпоху Петра Великого».
- «Именем Петра».
- «Ф.М. Достоевский — узник Петропавловской крепости». Проводится в рамках экскурсии в тюрьму бастиона Трубецкого.
С 1 мая по 30 сентября действует маршрут «Три века над городом» с подъемом на колокольню Петропавловского собора. Билеты на него можно купить в кассе Ботного дома. Экскурсионные сеансы начинаются в 13:00 и 14:30.
На территории музейно-исторического комплекса проводится много других мероприятий – лекции, уроки-экскурсии по истории и культуре Санкт-Петербурга, действуют различные культурно-просветительские и коммерческие выставки и программы.
Все экскурсии в Петропавловской крепости

